W końcu XIV w. Jagiełło założył Biskupstwo Wileńskie i zapisał biskupom miejscowość Werki. Pierwsze zabudowania pałacu biskupiego z XVI w. były drewniane, miały piwnice oraz murowane fundamenty.

Właścicielem pierwszego murowanego pałacu był biskup wileński Konstanty Kazimierz Brzostowski, który zarządzał Werkami w końcu XVII – na początku XVIII w. Z jego inicjatywy powstał tu zespół (otoczony parkami i lasami) o charakterystycznej trzyosiowej kompozycji: pałac w Werkach – kościół w Trynapolu z klasztorem – kościół Kalwaryjski z kapliczkami Drogi Krzyżowej. Pałac biskupi typu zamkowego wyrósł około roku 1690 na wysokim brzegu Wilii. Dwukondygnacyjny pałac został zbudowany na planie kwadratu, z wieżami bocznymi pokrytymi blachą.

W końcu XVIII w. Werki stały się własnością Ignacego Massalskiego. Podjął się on prac remontowych oraz rekonstrukcji pałacu i innych zabudowań, w tym znajdujących się w dolinie Wilii. Nowy monumentalny klasycystyczny zespół architektoniczny w Werkach jest dziełem architekta Marcina Knacfusa oraz jego ucznia Wawrzyńca Gucewicza. Początkowo pracami kierował M. Knacfus (1769-81 m.). Wybrał miejsce na nową rezydencję, opracował ogólny plan zespołu architektonicznego. Pod jego kierownictwem zostały zbudowane oficyny, część dawnych budynków zburzono. Gucewicz, który przejął kierownictwo prac (do 1788 r.), przygotował nowy projekt pałacu, zakończył wszystkie prace na zewnątrz, wewnątrz zbudował reprezentacyjne schody oraz dużą salę nakrytą kopułą. Jemu przypisywana jest też budowa pawilonu, młyna z zaporą wodną, zajazdu oraz innych budynków.

Od połowy XIX w. Pałac w Werkach był własnością księcia Ludwika Wittgensteina oraz jego potomków. Staraniem księcia rozpoczęto prace rekonstrukcyjne: został opracowany nowy plan parku, zmniejszono jego część górną, zbudowano nowe ogrodzenie, bramę, domek strażnika, przebudowano oficynę wschodnią – od strony północnej pojawiła się wieża oraz dobudówka z dużą salą, z innej strony dodano oranżerię ze szkła i metalu, doszczętnie zburzono budynek zrujnowanego pałacu... Inaczej rozplanowano dziedziniec przed pałacem, na którym zbudowano fontannę. Wokół placu wytyczono nową drogę. Folwark stał się wydajnym gospodarstwem. Syn księcia Peter kontynuował prace, rozpoczęte przez ojca: przebudował zabudowania folwarczne, uporządkował urządzenia wodne, rozwijał hodowlę ryb. Stopniowo jednak zaczęto wyprzedawać ziemie dworskie, wycinać lasy. W sumie Wittgensteinowie wyprzedali prawie połowę posiadłości dworskich. Nastąpił okres upadku zespołu architektonicznego w Werkach – rozpoczęto tu budowę domków letniskowych, willi...

Zespół architektoniczny w Werkach znacznie ucierpiał w czasie I wojny światowej. W okresie międzywojennym w jego zabudowaniach mieścił się pensjonat, niektóre budynki przekształcono w domki letniskowe, przed wybuchem II wojny światowej umieszczono tu szkołę hodowlaną, w okresie sowieckim – szkołę przewodniczących kołchozów, technikum hodowlane. Od 1960 r. zespół architektoniczny należał do Akademii Nauk Litwy. Obecnie mieści się w nim Instytut Botaniki.

Główne zabudowania dworskie w Werkach utrzymane są w stylu klasycystycznym, budynki gospodarcze noszą cechy sztuki ludowej. Niektóre elementy tego cennego zespołu nie przetrwały do naszych dni, w miejscu wspaniałego pałacu zachowały się jedynie piwnice ze sklepionymi sufitami; inne budynki zostały przebudowane. Pałac zburzono około roku 1842. Na zespół architektoniczny w Werkach obecnie składa się wiele zachowanych budynków: oficyny zachodnia i wschodnia, pawilon, zajazd (stajnie), lodownia, domek strażnika, dwie oranżerie, dwa młyny wodne, willa, stodoła, obora, piwnice dawnego pałacu, budynek dawnej poczty, domy służących, stajennego, zarządcy majątku, młynarza oraz stolarzy, budynek administracji, kotłownia, wieża wodna, fontanna, słupy oświetleniowe, resztki altany, fragment ogrodzenia z bramą.

Unikalny zespół architektoniczny w Werkach znajduje się obecnie pod ochroną na terenie Rezerwatu krajobrazowo-architektonicznego w Werkach. Werki zawsze przyciągały wspaniałą przyrodą, pięknymi i cennymi zabudowaniami, legendami i bogatą historią.