À la fin de XIV siècle, Jogaila a créé l’évêché de Vilnius et ses évêches ont reçu Verkiai. Les premiers bâtiments du palais de l’évêchés du XVI siècle avec des caves et des fondations en maçonnerie ont été en bois.

Le propriétaire du premier palais en maçonnerie a été l’évêche de Vilnius Konstantinas Kazimieras Bžostovskis, qui a géré Verkiai à la fin du XVII siècle – au début du XVIII siècle. Grâce à son initiative, l’ensemble de Verkiai (entouré de parcs et de forêts), avec une composition caractéristique de trois axes, a été créé: le palais – l’église de Trinapolis et le couvent – l’église de Kalvarijos avec des chapelles du Chemin de Croix. Le palais de l’évêché du type de château a été construit vers 1690 sur le rivage haut de Neris, près du bord escarpé. Il a été carré, de deux étages, avec les tours couverts de fer-blanc aux coins.

À la fin du XVIII siècle, Verkiai sont devenus la propriété de Ignotas Masalskis. Il a commencé les réparations et les reconstructions du palais et d’autres bâtiments de l’ensemble, aussi que des bâtiments dans une vallée de Neris. De nouveau ensemble architectural de Verkiai, sublime et du style de Classicisme, a été créé par Martynas Knafkusas et son disciple Laurynas Stuoka-Gucevičius. Au début, l’architecte M.Knafkusas (1769-81 m.) a dirigé les travaux. Il a choisi le lieu pour la nouvelle résidence, a établi le plan général de l’ensemble. Les palais latéraux – les officines – ont été construits, de certains bâtiments anciens ont été démolis. L.Stuoka-Gucevičius, qui travaillait après (jusqu’à 1788), a établi le nouvel projet de la partie centrale du palais, il a achevé tous les travaux de l’extérieur du palais, il a installé l’escalier central et la salle centrale avec une coupole à l’intérieur. Aussi, il a construit le pavillon, le moulin avec la digue, l’auberge et d’autres constructions.

Depuis le milieu du XIX siècle, le palais de Verkiai appartenait au prince Liudvikas Vitgenšteinas et ses descendants. Le prince a commencé des travaux intenses de la reconstruction du palais: il a changé le plan du parc, il a réduit sa partie supérieure, il a construit de nouvelle clôture, de nouvelle porte, de nouvelle maisonnette du gardien, il a réorganisé l’officine de l’Est – il a construit la tour et la grande salle à sa partie de nord, et il a ajouté l’orangerie en verre et en fer à la partie de sud de l’officine, il a démolit jusqu’aux fondements la partie centrale du palais... La place du palais a été réorganisé et le jet d’eau a été construit aussi que de nouveau chemin autour de place. L’exploitation est devenue productive. Le fils du prince Pėteris continuait des travaux du père: il a reconstruit des bâtiments de l’exploitation, l’équipement d’eau, il développait la pêche. Il a commencé à vendre les terres de la propriété, à abattre les forets. Enfin, les Vitgenšteinai ont vendu presque la moitié de la propriété. La période de la disparition de l’ensemble de Verkiai commence – on construit des maisons typiques de campagne, des villas...

L’ensemble architectural de Verkiai a subit beaucoup de dommages pendant la première guerre mondiale. Pendant la période de l’entre guerres, le pensionnat et les maisons de campagne fonctionnait dans ses bâtiments, avant la deuxième guerre mondiale – l’école de l’élevage, pendant la période soviétique – l’école des présidents des kolkhozes, l’école professionnelle de l’élevage. Depuis 1960, l’ensemble appartenait à l’Académie des sciences. À l’époque actuelle, l’Institut de la botanique y fonctionne.

Les bâtiments principaux de Verkiai sont du style de classicisme, et les bâtiments de l’exploitation – de l’art national. De certains éléments de cet ensemble ne se sont pas conservés, au lieu de la partie centrale du palais somptueux – seulement les caves avec le plafond voûté; des autres bâtiments ont été reconstruits, modifiés. La partie centrale du palais a été démolie vers 1842. Actuellement, l’ensemble de la ferme – du palais de Verkiai comprend beaucoup de constructions anciennes: les officines de l’ouest et de l’est, le pavillon, l’auberge (l’écurie), la glacière, la maisonnette du gardien, deux orangeries, deux moulins à eau, la villa, la grange, la vacherie, les caves d’ancien palais, la poste ancienne, les maisons des domestiques, d’un valet d’écurie, d’un garde forestier, d’un meunier et des menuisiers, le bâtiment d’administration, la chaufferie, la tour à eau, le jet d’eau, les poteaux d’éclairage, les vestiges du kiosque, le fragment de la clôture avec la porte.

Actuellement, l’ensemble architectural du palais de Verkiai est protégé dans la réserve architecturale du paysage de Verkiai. Verkiai attiraient toujours par la nature magnifique, les bâtiments beaux et riches, les légendes et l’histoire riche.